องค์พระธาตุสีทองเหลืองอร่ามตั้งเด่นตระหง่านอยู่บนดอยจอมทองคือ "พระธาตุจอมทอง" ตั้งอยู่ภายในวัดพระธาตุจอมทอง เป็นปูชนียสถานโบราณคู่เมืองพะเยา วัดพระธาตุจอมทอง เป็นวัดสาคัญที่ประดิษฐานพระธาตุจอมทอง อันเป็นที่เคารพสักการะของประชาชนชาวเมืองพะเยามาตั้งแต่โบราณ พระธาตุจอมทองเป็นเจดีย์ทรงล้านนาสูง ๓๐ เมตร ตั้งอยู่บนฐานสี่เหลี่ยมจัตุรัส กว้าง ๙ เมตร ซ้อนกันสามชั้น รองรับองค์ระฆัง ส่วนยอดสุดเป็นฉัตรสีทอง ฐานโดยรอบข้างล่างบุด้วยแผ่นโลหะ ดุนลายเป็นรูป ๑๒ นักษัตร และลายไทยอันงดงาม พระธาตุองค์นี้ไม่มีหลักฐานปรากฏชัดเจนว่าสร้างตั้งแต่สมัยใดเพียงแต่มีประวัติเกี่ยวกับพระธาตุจอมกิตติที่เชียงแสน จังหวัดเชียงราย
ความเป็นมาขององค์พระธาตุจอมทองนั้นเล่ากันว่า ในสมัยพุทธกาลพระพุทธเจ้าเคยเสด็จมาเผยแผ่พระพุทธศาสนาที่เมืองภูกามยาว และได้ทรงประทับแรมบนดอยซึ่งตั้งอยู่บนฝั่งหนองเอี้ยงทางทิศเหนือ ก็คือดอยจอมทองซึ่งเป็นที่ตั้งขององค์พระธาตุจอมทองแห่งนี้ พระองค์ได้มอบพระเกศาธาตุ ให้แก่พระเจ้าอโศก แต่พระเจ้าอโศกได้ทรงมอบแก่นายช่างทอง ผู้ซึ่งได้ถวายภัตตาหารแด่องค์พระสัมมาสัมพุทธเจ้า เส้นพระเกศาธาตุที่ได้มานั้น นายช่างทองจึงได้นาไปฝังลงในบ่อลึกกว่า ๗๐ เมตร แล้วสร้างเจดีย์อาพรางไว้ ต่อมาครูบาศรีวิชัย ครูบาแก้ว และครูบาปัญญา ทั้ง ๓ ท่าน ได้ร่วมกันบูรณะพระธาตุขึ้นใหม่ ตราบจนทุกวันนี้